Die mabb hat zwei Organe: Der Medienrat ist das beschlussfassende Gremium. Der Direktor bereitet die Beschlüsse des Medienrats vor, setzt sie um und vertritt die mabb nach außen.

Die Medienanstalt fördert die Vielfalt im privaten Rundfunk und wirkt an der Entwicklung der audiovisuellen Medien in der Region Berlin-Brandenburg mit. Diese Aufgabe erfüllt die mabb zum einen durch das Mittel der Regulierung, zum anderen durch das Mittel der Förderung.

Ihre Regulierungsaufgaben (Lizenzierung und Aufsicht über private Rundfunkprogramme, Nutzung von Rundfunkfrequenzen, Zugang zu digitalen Plattformen) nimmt die mabb bei bundesweiten Veranstaltern und Plattformen zusammen mit den gemeinsamen Organen der Landesmedienanstalten wahr.

Entsprechend ihrem gesetzlichen Auftrag fördert die mabb in Berlin und Brandenburg Medienkompetenz und -ausbildung sowie Projekte für neue Übertragungstechniken. Der Erfüllung dieser Aufgaben dienen als Einrichtungen in Trägerschaft der mabb ALEX Offener Kanal Berlin und das Medieninnovationszentrum Babelsberg (MIZ).

Neben den Regulierungs- und Förderungsaufgaben erfüllt die mabb zunehmend Informations- und Moderationsaufgaben. Als neutrale Institution mit öffentlichem Auftrag ist sie unabhängiger Berater für Akteure aus Politik und Wirtschaft. Die mabb steht den zuständigen Stellen der Länder und des Bundes in Rundfunkangelegenheiten beratend zur Seite, beauftragt Gutachten und Studien zu Forschungszwecken im Rahmen ihrer Zuständigkeiten und ist so aktiv an Entwicklungen der Rundfunklandschaft beteiligt.